醫療損害賠償案件的管轄權，涉及級別管轄和地域管轄兩種。按照《民事訴訟法》第22、24、和29條的規定，對醫療損害賠償案件來說：

對具有獨立法人資格的醫療單位，醫療損害賠償案件由醫療機構所在地人民法院管轄；——對醫療單位設在外地的分部、醫療點，若該分部、醫療點具有法人資格和獨立的醫療機構執業許可證等證書，由分部、醫療點所在地人民法院管轄。若分部、醫療點沒有獨立法人資格，則由醫療單位所在地人民法院管轄。

對解放軍、武警部隊向地方開放的醫療單位，在醫治地方傷病員過程中發生的醫療事故，由軍隊醫療單位所在地人民法院管轄。這是我國現有法律醫療損害案件管轄的基本規定。

對游醫或因差錯事故而逃逸的個體行醫者，由游醫、逃逸個體行醫者現住所地或經常居住地法院管轄。

對聯合辦醫或協助辦醫的，由發生差錯事故的醫療單位所在地人民法院管轄。

對個體行醫者，由個體診所所在地人民法院管轄。

在幾個法院都有管轄權的情況下，原告可以選擇有管轄權的法院起訴，有管轄權的法院都可以管轄，先受理立案的人民法院為實際管轄法院。管轄法院不得違反級別管轄的規定，即一般情況下，受理法院是基層人民法院，但是不排除根據當地規定和案件的實際標的額而由上級人民法院管轄的可能。